主な制度として、日本学生支援機構（JASSO）の奨学金と日本学術振興会（JSPS）の特別研究員があります。
第一種（無利子）と第二種（有利子）があり、博士課程学生の採択率は100%です。第一種の場合、特に優れた業績の者は返還免除を申請することができます。詳しくは、JASSO ホームページをご覧下さい。
DC1、DC2、PDの3種類があります。詳しくはJSPSホームページ をご覧下さい。DC1は博士課程1年次から3年間（月額20万円）、DC2は博士課程2年次から2年間（月額20万円）、PDは博士の学位取得者が対象で3年間（月額36万2千円）支援を受けることができます。加えて、これらの採用者には年間150万円までの研究費が補助されます。
また、学位取得者が対象ですが、子育て支援や学術研究分野における男女共同参画の観点から、出産・育児による研究中断後に円滑に研究現場に復帰できるように支援するRPD事業もあります。